Les membres du Conseil national des évangéliques de France se réclament de l’héritage des Réformes protestantes et des mouvements de Réveils qui ont suivi.
Les membres du CNEF partagent tous une même conviction évangélique fondamentale telle qu’elle est exprimée par la Déclaration de foi de l’Alliance évangélique.
Ils peuvent avoir des sensibilités théologiques diverses sur des points jugés non séparateurs.
Ils se reconnaissent aussi dans les affirmations des textes du Mouvement de Lausanne (Déclaration de Lausanne, Manifeste de Manille et Engagement du Cap).
Par ailleurs, le CNEF s’inscrit dans les réseaux européen et mondial du mouvement évangélique (Alliance évangélique européenne et Alliance évangélique mondiale).
Le 6 janvier puis le 18 juin 2001, en réponse à l’invitation du conseil national de l’Alliance évangélique française (AEF) et du comité national de la Fédération évangélique de France (FEF), la grande majorité des responsables des unions d’Églises et des institutions de formation biblique de France se rencontre à Nogent-sur-Marne.
Le 6 janvier 2003, le Conseil national des évangéliques de France (CNEF) est créé. Il est défini comme "un lieu d’échange, de réflexion, de concertation et de prière, une plate-forme en vue de renforcer les liens et la visibilité du protestantisme évangélique français, dans le respect de ses diversités".
De 2003 à 2007, le CNEF met en place des groupes de travail sur les questions d’éthique et d’implantation d’Églises. Il consacre du temps à la connaissance réciproque des caractéristiques de chaque famille qui le compose et à la poursuite de la réflexion sur l’avenir. Il se dote de principes déontologiques.
En 2007, le CNEF décide d’évoluer. Il jette les bases d’un projet où le CNEF se doterait d’une structure juridique officielle. Ce projet reprendrait à son compte la vision et les engagements de l’AEF et, parmi les missions de la FEF, celles qui sont utiles à tous les protestants évangéliques.
En 2008 et 2009, le projet est affiné puis présenté aux Églises et aux œuvres en vue du vote d’adhésion.
Le 15 juin 2010, se tient l’assemblée générale constitutive du CNEF au cours de laquelle près de 200 délégués du mouvement protestant évangélique français créent officiellement le CNEF, adoptent les textes statutaires qui en régissent la vie et nomment leur organe directeur.